Фамилия Апойченко — наглядный пример того, как простое на слух окончание скрывает неочевидный корень. Суффикс -енко безошибочно указывает на украинское происхождение и модель «чей-то потомок»: так в XVIII–XIX веках массово образовывали фамилии на Левобережной Украине, в первую очередь у крестьян и казаков. Но вот с основой «Апой-» начинаются вопросы — в современных именах и нарицательных словах она напрямую не встречается.

Самая убедительная версия выводит Апойченко из канонического имени Апполинарий (греч. «посвящённый Аполлону»). В народном быту это имя легко сокращалось до «Апой» или «Апойко» — с уменьшительным суффиксом -ко, типичным для украинской и белорусской речи. От такой обиходной формы и пошло отчество-фамилия: Апойченко буквально значит «сын Апоя». Античная окраска имени к тому моменту давно стёрлась, и в сознании носителей оно было просто крестильным.

Вторая гипотеза — от прозвища. В южнорусских говорах «апой» или «опой» могли называть пьющего человека (от глагола «пить»). Однако эта версия проигрывает первой по двум причинам. Во-первых, фамилии на -енко почти всегда образуются от имён, а не от прозвищ с негативным оттенком — для таких случаев чаще брали суффиксы -ов/-ев. Во-вторых, ударная форма «Апойченко» (а не «Опойченко») плохо согласуется с этой этимологией.

Географически фамилия привязана к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Сумщине, Черниговщине. В дореволюционных записях встречается вариант Апайченко, что объясняется акающим произношением. Сословно это почти наверняка крестьянская или казацкая фамилия: именно суффикс -енко был самым массовым способом фамилиеобразования у непривилегированных слоёв на Левобережной Украине.

Сравнение с однокоренными фамилиями проясняет особенность Апойченко. Полная форма имени дала фамилии Аполинаров и Аполинарьев, а вариант с другим суффиксом — Апольченко. Но Апойченко стоит особняком: стяжённая народная основа сделала фамилию короткой и звонкой, но именно она заставляет этимологов гадать, какой именно путь — от имени или от прозвища — прошли её первые носители.