Фамилия Апроенгованин — настолько редкая, что в доступных ономастических источниках, включая сводки Б. Унбегауна и региональные словари фамилий, она не встречается. Её уникальность заставляет работать методом исключения и разбирать слово по частям, как загадку.

В основе, скорее всего, лежит искажённое или диалектное прозвище. Первая часть «Апроен-» может восходить к просторечной форме имени Апроен (от Апрон, вариант канонического Епифаний или Амвросий). В русских говорах имя Амвросий нередко «укорачивали» до Апросим, Апроня, а «Апроен» могло возникнуть как промежуточная форма. Суффикс «-гов-» в середине — самая спорная часть. Возможно, это результат сращения: например, отчество на «-ов» (Апроенов) получило дополнительный суффикс «-ан-», а потом «-ин», что дало бы «Апроенованин», но в реальности буква «г» могла появиться из-за окающего произношения (вместо «в»), либо из-за переосмысления по аналогии с фамилиями на «-гов» (типа Рыжгов).

Финальная часть «-анин» — характерный суффикс, указывающий на принадлежность к месту или группе (ср. «полянин», «рижанин»). В фамилиях он редок, но встречается у выходцев из сёл, где жителей называли по какому-то признаку: «апроенговане» — то есть «люди Апроена» (или «из рода Апроена»). Это могло быть прозвище целой семьи, которое затем закрепилось как фамилия.

Географически фамилии с суффиксом «-анин» чаще встречаются на Русском Севере и в Сибири, куда переселенцы приносили такие модели. Если предположить, что основа — искажённое «Апроен», то носители фамилии могли происходить из среды крестьян или посадских людей, где неканонические формы имён были в ходу. Правдоподобная версия: фамилию дали не по отцу, а по прозванию главы рода — «Апроен» (человек по имени Апрон), а его потомков стали называть «апроенговане», то есть «принадлежащие к его дому». Со временем окончание «-анин» превратилось в фамильный суффикс.

Других версий, например, связи с неславянскими корнями, нет: структура слова (суффиксы -ов- и -анин) типично русская. Фамилия не имеет дворянских или купеческих фиксаций — это фамилия простого сословия, записанная, вероятно, в XIX веке при переписях в каком-то глухом уезде.