Фамилия Аптонов — редкая и неочевидная. На первый взгляд она звучит как типичная русская фамилия с суффиксом -ов, но её основа ставит в тупик: что такое «Аптон»? В русском языке такого слова нет, а значит, ключ к разгадке лежит либо в иноязычном заимствовании, либо в искажении исходного имени.

Самая вероятная версия — фамилия Аптонов могла возникнуть от прозвища или имени Автон, которое, в свою очередь, является народной формой канонического имени Автоном. Имя Автоном (греч. autonomos — «самозаконный», «независимый») в бытовой речи часто сокращали и переделывали: Автоша, Автоня, Автон. Если в основе лежит именно «Автон», то фамилия образована по стандартной модели: Автон → Автонов. Однако на письме или в произношении начальное «Ав» могло перейти в «Ап» под влиянием акающих говоров или просто как графическая описка (оглушение «в» перед глухим «т»). Таким образом, Аптонов — это, скорее всего, фонетический вариант фамилии Автонов.

Второй, более экзотический вариант — связь с западноевропейскими фамилиями. В английском языке существует фамилия Appleton (Эпплтон), означающая «яблочный город» или «яблочное поселение». Теоретически, при адаптации на русской почве её могли переделать в Аплетонов, а затем сократить до Аптонов. Но эта версия маловероятна для крестьянской среды: такие фамилии чаще встречались у обрусевших иностранцев или дворян, и для неё нет массовых подтверждений в исторических документах.

Географически фамилия Аптонов встречается крайне редко, в основном в центральных регионах России. Это говорит о том, что она не была распространена широко и, вероятно, возникла в одной локальной местности как результат искажения или диалектного произношения. Предок-носитель такой фамилии мог быть человеком с именем Автоном — свободным крестьянином или посадским, чьё имя в документах записали на слух, как услышал писарь.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Аптонов — буквально «сын Аптона» или «потомок Аптона». Поскольку исходное имя Автоном было нередким в XVII–XVIII веках, фамилия Автонов (и её вариант Аптонов) имеет право на существование как пример того, как живая речь меняет письменную фиксацию.