Фамилия Аптругалеева — редкий пример сложения трех разнозычных основ в одной фамилии. Ее разбирают на части так: первая восходит к древнетюркскому «ап» (или «апа») — «старший брат». Вторая часть — «тру» — связана с тюркским «тур», то есть «живущий, стоящий». Третий компонент — арабское мужское имя Али («великий, возвышенный, могущественный»). У имени Али много диалектных вариантов: Гали, Галикай, Аликай, Алукай, Алкай, Алки, Алиш, Алыш, Алай, Алук, Алюк. Скорее всего, эти три части слились в личное обрядовое имя. Его давали первенцу-мальчику со значением «старший брат, живущий, как великий» — то есть с пожеланием вырасти сильным, храбрым, стать опорой семье и народу, истинным мусульманином.

Фамилия образована по русской модели: к основе добавили суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного) и окончание -а, указывающее на женский род. Мужской вариант — Аптругалеев. Формирование фамилий у тюркских народов шло долго, поэтому точное место и время возникновения рода Аптругалеевых можно установить только через генеалогические изыскания. Судя по составу, фамилия могла появиться в среде, где переплелись тюркская и арабская традиции именования — вероятно, у поволжских татар или башкир, где такие сложные имена были не редкостью.