Фамилия Арафеева — вариант женского рода, мужская форма — Арафеев. Это русская фамилия, образованная по стандартной патронимической модели: от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ев. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или звук «й». В данном случае основа — Арафей.

Самое вероятное объяснение: в основе лежит каноническое имя Арафий. Это редкая форма греческого имени Иеракс, что значит «ястреб» или «сокол». В святцах имя Арафий встречается как имя преподобного, память которого приходится на 12 декабря по старому стилю. Таким образом, Арафеев — это потомок человека по имени Арафий. Фамилия могла возникнуть в среде духовенства или крестьян, где такие редкие имена иногда давали по святцам.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища Арап, Арапка. В старину «арапами» называли не только негров, но и смуглых, черноволосых людей, а также шутов или людей с тёмным цветом глаз. Форма Арафеев могла возникнуть как искажение при произношении: Арапов → Арафов → Арафеев, хотя это требует дополнительных фонетических допущений. Прямой переход «п» в «ф» в русских фамилиях редок, но возможен в диалектах.

Фамилия Арафеева не относится к числу широко распространённых. Она встречается в основном в центральных регионах России, а также в Поволжье — в частности, в Нижегородской и Кировской областях. Встречаются и варианты написания через «о» — Арофеев, но это, скорее, отдельная фамилия от имени Арофей.

Сословно фамилия не маркирована: её могли носить и крестьяне, и мещане, и священнослужители. Поскольку имя Арафий церковное, есть небольшой шанс, что предок был из духовного сословия, но утверждать это без генеалогических данных нельзя.