Фамилия Арнуфис — редкая и необычная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, и чтобы понять, откуда она взялась, стоит разобрать её по частям, а не искать славянский корень.

Основа «Арнуф-» — это вариант древнегерманского имени Арнульф (Arnulf), которое состоит из двух частей: arn (орёл) и wulf (волк). Имя было распространено в средневековой Европе, особенно в Германии и Франции. Окончание «-ис» — это латинизированный или грецизированный суффикс, характерный для фамилий, которые оформлялись в церковных или академических записях (сравните с фамилиями типа Бонис, Денисис). Таким образом, Арнуфис — это не русская фамилия, а скорее «окаменевшая» форма имени Арнульф, записанная по латинскому образцу.

Вероятнее всего, фамилия Арнуфис могла появиться в среде духовенства или в городах с сильным немецким или польским влиянием (например, в Прибалтике, на западе Украины или в Беларуси). Священник или канцелярист, носивший имя Арнульф, мог быть записан в документах как «Арнуфис» — по аналогии с тем, как русские фамилии на -ов/-ев образовывали от имён, так и здесь латинское окончание закрепилось за фамилией. Другая, менее вероятная версия — искусственное происхождение: фамилия могла быть дана семинаристу при поступлении в духовное училище, где часто давали «благозвучные» латинские или греческие фамилии. Однако имя Арнульф не было каноническим, поэтому эта версия слаба.

Словообразовательная модель проста: корень «Арнуф-» + суффикс «-ис», который в данном случае выполняет роль окончания, превращая личное имя в фамилию. Суффикс «-ис» в русских фамилиях встречается редко, и это сразу выделяет Арнуфис из ряда типичных фамилий. В отличие от, скажем, Арнульфова, где суффикс «-ов» указывает на принадлежность, «-ис» скорее фиксирует имя в «готовом» виде, как оно было записано.

Из-за редкости фамилии установить точную географию её бытования сложно. Скорее всего, её носители — потомки выходцев из Западной или Центральной Европы, которые обрусели, но сохранили в фамилии память о древнегерманском имени. Фамилия не имеет отношения к дворянству или крестьянству — она, вероятнее всего, городская или духовная, и её появление — результат письменной фиксации личного прозвища или имени в эпоху, когда фамилии только формировались.