Фамилия Арнугенян — редкий пример армянской модели образования, которая в русском контексте почти не встречается. Сразу бросается в глаза суффикс -ян, типичный для армянских фамилий: он указывает на принадлежность к роду, происхождение от предка. В основе лежит имя или прозвище Арнуг, которое само по себе требует разбора.

Имя Арнуг, скорее всего, восходит к армянскому «арнум» — «брать, получать», либо к «арнуг» — «крепкий, сильный». В армянской ономастике есть группа личных имён, образованных от глаголов со значением «дающий», «берущий», «сильный». Арнуг могло быть как уменьшительной формой более длинного имени (например, Арнушак), так и самостоятельным прозвищем, которое дали человеку за физическую силу или за характер — «тот, кто берёт своё», упрямый, настойчивый.

Географически фамилия тяготеет к западноармянскому ареалу — исторической территории Западной Армении (сейчас восток Турции) или к среде армянских переселенцев, которые после геноцида 1915 года оказались на юге России, в Краснодарском крае, Ростовской области или в Ставрополье. В советских архивах носители фамилии Арнугенян встречаются преимущественно в этих регионах, что подтверждает переселенческий характер.

Словообразовательная модель проста: корень Арнуг- + суффикс -ен- (вариант -ян, где -ен- — огласовка, характерная для некоторых армянских диалектов) + окончание. Получается «из рода Арнуга». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, армянская система не указывает на сословие или профессию — только на имя основателя рода. Поэтому предки носителя фамилии могли быть кем угодно: земледельцами, ремесленниками, торговцами. Единственное, что объединяет — армянское происхождение и, вероятно, жизнь в общине, где имя Арнуг было достаточно узнаваемым, чтобы закрепиться как родовое.

В русском написании фамилия сохранила исходное ударение: АрнугенЯн (на последний слог). Встречаются варианты Арнугян (без -ен-) — это более краткая форма, но Арнугенян точнее передаёт диалектное произношение. Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, знают свою семейную историю, но для постороннего исследователя она остаётся загадкой без доступа к армянским метрическим книгам начала XX века.