Фамилия Атанакинян — редкий случай, когда армянская патронимическая модель накладывается на греческое имя. Ключ к пониманию — не в корне (он прозрачен), а в суффиксе и в том, как имя прошло через языки.

Основа — Атанак. Это восточноармянская форма греческого имени Афанасий (Αθανάσιος), что значит «бессмертный». В русской традиции имя известно как Афанасий, в армянской оно закрепилось в виде Атанас, Атанак. Суффикс -ян — стандартный армянский показатель принадлежности, буквально «из рода такого-то». А вот вставка -ин- между корнем и суффиксом — деталь, которая выбивается из классической схемы. В армянском языке такое сочетание встречается редко и часто указывает на диалектное произношение или на то, что фамилия оформлялась не в исконной среде, а, например, в русскоязычном документообороте, где пытались передать местное звучание.

Географически фамилия тяготеет к западу исторической Армении и к диаспоре. Форма Атанак, а не Атанас, характерна для говоров района Харберд (Западная Армения, ныне территория Турции) и для потомков выходцев оттуда. После геноцида 1915 года носители фамилии расселились по Ближнему Востоку, Европе и Америке, но в самой Армении Атанакинян встречается редко — это скорее фамилия диаспоры.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду с более частыми Атанасян, Атанесян, Атанасов. Отличие Атанакинян — в уменьшительном или диалектном суффиксе -ак, который в имени Атанак мог означать «маленький Атанас» или просто быть местным вариантом произношения. Таким образом, Атанакинян — это «потомок того, кого звали Атанак», то есть Афанасия. Никакой другой, более экзотической версии (например, от тюркского корня) не существует — имя однозначно христианское, греческое по происхождению.