Фамилия Атанакинян интересна тем, как в ней сплелись армянская модель фамилии и греческое имя. В основе лежит восточноармянская форма Атанак, соответствующая греческому Αθανάσιος (Афанасий) — «бессмертный». Стандартный армянский суффикс -ян указывает на принадлежность к роду. Но необычность — вставка -ин- между корнем и суффиксом. В классической армянской словообразовательной схеме это редкость, и такая деталь часто выдает влияние русскоязычного документооборота, где пытались точно передать местное произношение.

Географически фамилия тяготеет к западу исторической Армении, особенно к говорам района Харберд (ныне территория Турции). Форма Атанак, а не более распространенная Атанас, — диалектная, с уменьшительным или местным суффиксом -ак, который мог означать «маленький Атанас». После событий 1915 года носители фамилии расселились по диаспоре — на Ближний Восток, в Европу и Америку. В самой Армении Атанакинян встречается редко, это скорее фамилия потомков выходцев из Западной Армении.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду с более частыми Атанасян, Атанесян, Атанасов, но отличается именно этим диалектным корнем и редким сочетанием суффиксов. Никакой другой, более экзотической версии (например, от тюркского корня) не существует — имя однозначно христианское, греческое по происхождению. Таким образом, Атанакинян — «потомок того, кого звали Атанак», то есть Афанасия.