Фамилия Атекова — женская форма фамилии Атеков, которая образована по классической русской модели с суффиксом -ов. Основа здесь — прозвище или имя Атек. Это редкий случай, когда корень фамилии неочевиден и вызывает споры у исследователей.

Самая распространённая версия связывает Атека с тюркскими языками. В карачаево-балкарском, кумыкском и других тюркских языках есть слово «атек» — «петух». Прозвище Петух на Руси давали задиристому, бойкому или громкоголосому человеку. Мужчина по прозвищу Атек, его сын или потомок получал фамилию Атеков. В пользу этой версии говорит география фамилии: она встречается на Северном Кавказе, особенно в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии, где тюркские языки распространены.

Вторая версия, менее вероятная, возводит Атека к арабскому имени Атик (в значении «древний», «благородный», «освобождённый»). При переходе в русскую среду имя могло упроститься до Атек, а затем получить фамильный суффикс. Однако прямых доказательств такой трансформации нет, и большинство ономастов склоняются к «петушиному» корню.

Фамилия Атекова (и Атеков) довольно редкая. Она не фиксируется в больших количествах за пределами указанных регионов. Это значит, что предки носителей фамилии с высокой вероятностью жили в горной или предгорной местности, занимались скотоводством или земледелием, а прозвище закрепилось за родом ещё в XVIII–XIX веках.