Фамилия Атнакузина — это женская форма фамилии Атнакузин, а та, в свою очередь, — яркий пример фамилий, образованных от тюркского имени-прозвища. Разбирать её стоит с конца: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть «сын Атнакузы». Основа здесь — составное имя, типичное для башкирской и татарской антропонимии.

Первая часть, Атна, восходит к слову «атна» — «неделя» (от персидского «афтаб», через тюркское посредничество). Вторая часть, Куза, — это диалектный вариант имени Кузя или прозвища, которое может означать «щенок» или «детёныш» (в некоторых тюркских языках «көзә» — козлёнок, но в именах чаще использовалось как ласкательное). Таким образом, имя Атнакуза буквально переводится как «Недельный щенок» — звучит странно для современного уха, но в традиционной культуре такие «охранительные» имена давали, чтобы обмануть злых духов: ребёнок, названный чем-то незначительным, якобы не привлекал их внимания.

Географически фамилия Атнакузина распространена в Башкортостане, Татарстане и соседних регионах Урала, где сильно влияние башкирского и татарского языков. Встречаются и варианты написания — Атнакузов, Атнакузин, что связано с разной адаптацией тюркского окончания в русской паспортной системе. Примечательно, что в отличие от фамилий-профессий, эта не говорит о ремесле предка: она — прямой отпечаток доисламской, языческой традиции имянаречения, когда имя служило оберегом.