Фамилия Атнонов — редкий случай, когда написание расходится с ожидаемой логикой. На слух она почти неотличима от распространённой фамилии Отнонов, но пишется через «а». Это не опечатка и не вариант, а самостоятельная форма, и её происхождение стоит искать не в стандартной модели «от имени + -ов», а в прозвище или местном говоре.

Словообразовательный суффикс -ов указывает на принадлежность: Атнонов буквально значит «сын Атнона» или «человек из рода Атнона». Но имени Атнон в святцах нет. Основа, скорее всего, восходит к диалектному или обиходному прозвищу. В русских говорах слово «атный» или «атно» могло означать «отцовский» или «родовой» (от «атя» — отец, батюшка в рязанских, тульских, тамбовских говорах). Тогда Атнон — это форма, близкая к «батюшка», «отец», и фамилия могла закрепиться за сыном уважаемого или старшего в роду человека.

Есть и другая версия, менее вероятная, но не исключённая: связь с тюркским «ата» (отец, предок). В зонах русско-тюркского пограничья — на юге, в Поволжье — прозвище Атнон могло возникнуть как калька или заимствование. Однако для фамилии с чисто русским суффиксом -ов это скорее исключение.

Географически фамилия Атнонов встречается нечасто, заметных очагов нет. В дореволюционных переписях и адресных книгах она не фиксируется как дворянская или купеческая — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвище было более ходовым, чем полное календарное имя. Интересно, что при переписях её могли записывать на слух как Отнонов, и наоборот — поэтому в одной семье иногда встречаются оба варианта.