Фамилия Атнюков — редкий пример, где в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, диалектное прозвище. Разбирать её стоит нестандартно: не с корня, а с географии и суффикса.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель — «чей?» — «сын Атнюка». Но само имя Атнюк не встречается в святцах и не является крестильным. Это прозвище или производная форма от него. Наиболее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «атня» — так в некоторых говорах Поволжья (особенно в бывшей Казанской и Симбирской губерниях) называли ленивого, неповоротливого человека или, наоборот, упрямца. Слово могло звучать и как «атний», «атнюк» — с уменьшительно-уничижительным суффиксом -юк, характерным для восточнославянских прозвищ.

Вторая, менее распространённая версия — тюркская. В татарском и башкирском языках есть корень «ат» (лошадь, конь), а «атны» означает «конный». Форма «Атнюк» в таком случае могла быть прозвищем конного воина или конюха, адаптированным русским окончанием. Учитывая, что фамилия встречается в регионах с сильным татарским влиянием (юг Нижегородской области, Мордовия, Чувашия), эта версия имеет право на существование, хотя фонетически менее прозрачна.

Словообразовательная модель проста: основа Атнюк (прозвище) + патронимический суффикс -ов. Ударение, судя по произносительной норме, падает на второй слог: АтнЮков. Фамилия крайне редкая: по открытым данным, её носители сосредоточены в основном в Республике Мордовия и соседних областях — это подтверждает версию о диалектном, локальном происхождении.

Таким образом, предки современных Атнюковых с большой вероятностью получили прозвище за характер: либо за медлительность и лень, либо за упрямство. Человек по прозвищу Атнюк жил, скорее всего, в крестьянской среде Среднего Поволжья в XVII–XVIII веках, и его потомки закрепили это прозвище как фамилию.