Фамилия Атобекова — женская форма мужской фамилии Атобеков. Она имеет отчетливое тюркское происхождение и образована по распространенной в казахской, киргизской, узбекской и татарской среде модели: личное имя или прозвище + аффикс принадлежности -бек/-беков.

Основа фамилии — имя Атобек. Оно составное, из двух тюркских компонентов: «ато» и «бек». Первая часть, «ато», в большинстве тюркских языков означает «отец», «предок», «дед» (ср. казахское «ата», узбекское «ота»). Вторая часть — «бек» (или «бий») — титул, обозначающий князя, господина, знатного человека. Таким образом, имя Атобек можно перевести как «отец-бек», «господин-предок» или «почтенный, как отец». Встречается и другая интерпретация: «ато» могло быть вариантом имени Ата — уважительного обращения к старшему, тогда Атобек — «старший бек».

Фамилия Атобеков (и Атобекова) не относится к числу древних русских фамилий — она закрепилась в среде оседлого тюркского населения, вероятно, в XIX — начале XX века, когда при переписях и паспортизации фамилии фиксировались по отцу. Носительница фамилии Атобекова, скорее всего, происходит из регионов Средней Азии или Поволжья, где были сильны тюркские и исламские традиции именования. Суффикс -ов/-ев здесь не указывает на русское происхождение, а является стандартным способом русификации тюркских фамилий в документах.

Интересная деталь: в отличие от славянских фамилий на -ов, где суффикс указывает на принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), в тюркских фамилиях на -ов он часто просто оформляет исходное имя, не меняя его смысла. Поэтому Атобекова — это буквально «дочь или жена человека по имени Атобек». Вариантов написания с другим суффиксом (например, Атобекин) практически не встречается, что говорит о сложившейся региональной норме: для тюркских основ с конечным «к» или «г» типичен именно суффикс -ов.