Фамилия Атомас — редкая и неоднозначная. Её происхождение, скорее всего, связано с греческим языком, но пути, по которым она попала в русскую среду, могут быть разными. Главная особенность, бросающаяся в глаза, — отсутствие русского патронимического суффикса (-ов, -ин, -ский). Атомас — это «чистая» основа, что типично для фамилий иностранного происхождения, особенно греческих, которые часто оставляли в документах без изменений.

Первый и самый очевидный вариант — прозвище от греческого слова «атомос» (ἄτομος), то есть «неделимый» или «отдельный». В древнегреческой философии так называли мельчайшую частицу бытия. Вряд ли крестьянину или ремесленнику дали такое прозвище за философские познания. Скорее, «Атомас» могло быть характеристикой человека — замкнутого, нелюдимого, живущего сам по себе, «отдельно» от общины. Второй возможный смысл — ироничное прозвище для очень маленького или, наоборот, чрезвычайно плотного, коренастого человека. Такие прозвища по внешности или характеру — обычное дело для русской и греческой традиций.

Второй путь — географический. Фамилия могла возникнуть у греков Причерноморья или у понтийских греков, переселявшихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. В этом случае Атомас — не адаптированное прозвище, а исходная греческая фамилия, которую зафиксировали в документах без изменений. Подтверждением служит то, что фамилия встречается в греческой диаспоре, а также в южных регионах России, куда греки переселялись массово (Крым, Краснодарский край, Донбасс). Если это так, то предки носителя фамилии могли быть понтийскими греками, сохранившими родовое имя.

Третья версия, менее вероятная, — искажение при переписи редкого тюркского имени. В тюркских языках есть имя «Атамас» (от «ата» — отец, предок), которое могло превратиться в Атомас из-за ошибки писаря или местного говора. Однако никаких следов такого перехода в словарях тюркских фамилий нет, поэтому эта гипотеза остаётся слабой. Скорее всего, это случайное созвучие.

По сословной принадлежности сказать что-то определённо трудно. Если фамилия греческая, её носителями могли быть как купцы и ремесленники, так и крестьяне-переселенцы. В русской среде это, скорее, фамилия бывшего однодворца или мещанина, но не дворянина (нет в «Общем гербовнике» и списках столбового дворянства). В русском языке Атомас склоняется как существительное мужского рода (Атомаса, Атомасу), а женский вариант — Атомас (несклоняемая). География бытования сегодня — юг России, Украина, а также Греция и греческая диаспора в США и Австралии.