Фамилия Атомный — одна из тех, что вызывает любопытство сразу. Кажется, что её носитель как-то связан с физикой, энергией или, на худой конец, с эпохой атомных проектов. Но на деле корни уходят глубже и прозаичнее.

Скорее всего, фамилия образована не от слова «атом» в современном научном смысле, а от личного имени или прозвища Атом. В древнерусских говорах «атом» могло быть искажением греческого имени Фома (Thomas) — через форму «Атом» или «Отом». Такое переосмысление встречалось: имя Фома в народной среде звучало как Хома, а в некоторых диалектах — как Атом. Таким образом, Атомный — это отчество-притяжательное: «чей?» — «Атомов сын», а со временем — Атомный.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: прозвище Атом мог получить человек с каким-то характерным признаком — например, очень маленького роста или, наоборот, «неделимый» в спорах, упрямый. Однако документальных подтверждений такого прозвища в исторических источниках нет.

Фамилия Атомный — редкая. Встречается преимущественно на юге России и в украинских землях, где было больше возможностей для народного переосмысления имён. Суффикс -ный в русских фамилиях нехарактерен — обычно фамилии на -ный имеют польское или украинское происхождение (например, Вишневецкий, Замойский). Но в случае Атомного суффикс мог появиться под влиянием местных говоров или при оформлении документа: изначально форма могла быть Атомов, а позже трансформировалась.

В советское время фамилия могла получить второе дыхание — её могли «осовременить» или воспринимать как «атомную», но это уже вторичное переосмысление, не связанное с происхождением.

Если вы носитель этой фамилии — скорее всего, ваш предок был обычным крестьянином или казаком, которого в церковных книгах записали через имя Атом, а в быту звали Атомным. Никакой физики, только живой язык и случайность письмоводителя.