Фамилия Атунлесе — редкий случай в русском ономастиконе. С первого взгляда бросается в глаза нетипичная для славянских фамилий основа и окончание. Если отбросить маловероятное иноязычное заимствование (например, тюркское или финно-угорское), то перед нами, скорее всего, искусственная фамилия, образованная по модели семинарских (духовных) фамилий.

В XVIII–XIX веках в духовных училищах и семинариях будущим священникам нередко давали фамилии, «переведённые» с греческого или латыни на русский лад, либо составленные из значащих частей. «Атунлесе» может быть переосмыслением греческого слова «ато́н» (ἄτονος) — «расслабленный, вялый» или «атони́я» — потеря тонуса. В таком случае фамилия могла означать «Без усилия», «Не напрягающийся» или, в более грубой интерпретации, «Ленивый». Суффикс «-ес» здесь необычен, он не характерен для русских фамилий, но мог возникнуть при калькировании с греческого окончания или как результат книжной порчи исходного прозвища.

Вторая, более простая версия: фамилия является искажённой записью прозвища. В говорах русского севера и Сибири бытовало слово «атун» — так могли называть неуклюжего, неповоротливого человека. Местный писарь, записывая прозвище «Атун» или «Атуня», мог по ошибке или по привычке добавить окончание «-лесе», подражая польским или западнорусским фамилиям вроде «Залесский». Получается «Атунлесе» — «из рода Атуна», где основа — прозвище.

Точно определить сословие предков сложно. Если верна семинарская версия — носитель был из духовного звания. Если прозвищная — из крестьян или посадских людей. В любом случае, фамилия недворянская и не княжеская: она отсутствует в родословных книгах. Географически такие фамилии единично встречаются в архивах Вологодской и Архангельской губерний, где было много старообрядческих и северных говоров, а также в записях духовных училищ центральной России. Сегодня фамилия крайне редкая, и её носители, скорее всего, потомки одного-двух родов, разошедшихся по стране.