Фамилия Аунапу — редкий случай, когда происхождение почти наверняка указывает на конкретное занятие предка. В её основе лежит эстонское слово «aun» (в родительном падеже «auna»). Так в Прибалтике называли простейшее хранилище урожая: вал из корнеплодов, картофеля или капусты, уложенный прямо на землю или в неглубокий котлован и укрытый соломой с землёй. Прозвище Аунапу, скорее всего, получил человек, который строил такие хранилища или заведовал закладкой урожая на зиму — то есть земледелец, крестьянин, чья работа была тесно связана с сохранением продуктов.

Суффикс -пу в фамилии — не русский, а финно-угорский. В эстонском языке он может означать принадлежность или происхождение, примерно как русское «-ов/-ев». Таким образом, Аунапу буквально значит «из рода того, кто связан с аун» или «сын Ауна». Модель образования фамилии указывает на её северо-западное происхождение: такие фамилии встречаются среди эстонцев и сету, а также у русских, долго живших в Эстонии или на границе с ней.

Существует и альтернативная версия, но она заметно слабее. Согласно ей, прозвище Аунапу могло произойти от татарского слова «аунап» — «лежать, бездельничать». Однако для фамилии, зафиксированной на северо-западе России и в Прибалтике, эстонская этимология гораздо правдоподобнее: она объясняет и конкретную бытовую реалию, и суффиксальное оформление, и географию распространения. Татарский след возможен только в случае миграции, но документальных подтверждений этому нет.

Фамилия Аунапу — штучная, массовой не стала. Встречается она в основном среди потомков эстонских крестьян и в русских семьях, связанных с Эстонией. Носители фамилии — люди, чей предок был не просто земледельцем, а хранителем урожая, отвечавшим за то, чтобы картофель и капуста не промёрзли зимой.