Фамилия Аунапу образована от аналогичного прозвища, восходящего к эстонскому слову «auna». Так называли простейший тип хранилища сельскохозяйственной продукции. Он представляет собой валообразную кучу корнеплодов, картофеля или капусты, уложенных на поверхность земли или в неглубокий котлован и укрытых слоями соломы и земли. Вероятно данное прозвище мог получить человек, занимавшийся земледелием. Согласно другой версии, данное прозвище восходит к татарскому слову «аунап», означающему в переводе на русский язык «лежать, бездельничать».