Фамилия Аванерапир — один из тех редких случаев, когда русская по форме фамилия имеет совершенно нерусское, причём неочевидное, происхождение. На первый взгляд она напоминает сложные фамилии вроде Доброскок, Вертихвост или Горихвостов, где в основе лежит глагольная конструкция. Действительно, «аванерапир» можно прочитать как «а ване рапир» — то есть «а Ваня рапиру». Но здесь и кроется главная загадка: ни в одном известном говоре или историческом документе такой фразы не зафиксировано. Слово «рапира» — позднее заимствование (из немецкого или французского), а имя Ваня — исконно русское, но их сочетание в качестве прозвища выглядит искусственным, книжным.

Гораздо правдоподобнее, что Аванерапир — это искажённая запись фамилии иного происхождения. Наиболее вероятная версия: фамилия восходит к немецкой или прибалтийской основе. В немецком языке существует фамилия von Awanerapier или Awanerapp, которая могла попасть в Россию вместе с остзейскими немцами или переселенцами. При переписи или в канцелярии XIX века незнакомое слово записали на слух, и получилось «Аванерапир». Фонетически близко к этому названию местечка или хутора в бывшей Курляндской губернии (современная Латвия). Если так, то основа фамилии — топонимическая, то есть указывает на выходца из конкретного места, а не на прозвище.

Суффикс в фамилии отсутствует — это чистая основа. Такие «голые» фамилии в русской традиции редки, они характерны для поздних канцелярских записей или для фамилий, принесённых из других языков без адаптации. В русской среде фамилия могла закрепиться только в одном-двух родах, поэтому её география крайне узка: единичные носители встречаются в Петербурге и бывших прибалтийских губерниях.

Третья, менее вероятная версия — искусственное происхождение. В семинарской среде иногда сочиняли фамилии из латинских или греческих корней, но «Аванерапир» не похожа на типичную семинарскую кальку. Скорее всего, перед нами пример «народной этимологии»: чужую фамилию переосмыслили как русскую фразу, хотя на деле она ничего общего с рапирами и Ваней не имеет.