Фамилия Авенариус — редкий для России случай, когда фамилия не обрусела, а сохранила исходную латинскую форму без добавления суффиксов -ов, -ин или -ский. Искать в ней славянский корень бессмысленно: перед нами латинизированная немецкая фамилия, книжная и ученая. Ее носители в России — почти поголовно потомки выходцев из немецких земель, которые в XVIII–XIX веках поступали на русскую службу как специалисты: врачи, аптекари, инженеры, профессора. Поэтому фамилия не привязана к одной губернии, а разбросана по столицам и университетским городам — это фамилия интеллигенции, а не крестьянства.

Основа фамилии — латинское слово avena, то есть «овес». Суффикс -arius в латыни образует названия профессий: avēnārius — «овсянщик», тот, кто торгует овсом или его выращивает. В средневековой Германии латинские фамилии часто давали в школах и университетах, переводя немецкие прозвища на ученый язык. Немецкое Haber (овес) или Habermann превращалось в Avenarius — так крестьянин или торговец овсом получал звучную латинскую фамилию, которая звучала солиднее. В России эта фамилия закрепилась за несколькими родами, и все они — потомки приглашенных специалистов.

Самый известный носитель — физик Михаил Петрович Авенариус (1835–1895), профессор Киевского университета, работавший над термоэлектричеством. Его отец, Петр Авенариус, был лютеранским пастором — типичная карьера для немецкой семьи в России. Другой известный представитель — Василий Петрович Авенариус, детский писатель XIX века, автор пересказов сказок Пушкина и братьев Гримм. В дореволюционных справочниках фамилию часто писали с ударением на второе «а»: Авенáриус. Сегодня носителей фамилии в России немного, но все они, как правило, могут проследить родство с теми самыми немецкими специалистами, которые приехали в Россию по контракту и остались здесь навсегда.