Фамилия Авнигин — редкий случай, где корень слова не бросается в глаза даже носителю языка. На первый взгляд, в ней слышится что-то иностранное, но на деле это исконно русская фамилия, образованная по стандартной модели с суффиксом -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Авнигин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Авнига.

Самая правдоподобная версия происхождения основы — от диалектного глагола «авнить» или «авну́ть». В некоторых северных и сибирских говорах это слово означало «издавать протяжный звук, аукать, перекликаться в лесу». Прозвище Авнига могли дать человеку с громким голосом, леснику или охотнику, который часто подавал голос в тайге. Такие прозвища по действию — «крикун», «аукала» — типичны для русской антропонимии.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским или финно-угорским влиянием. В языках народов Поволжья встречаются корни «ав» или «ау» со значением «охота» или «звук». Однако в пользу славянской основы говорит именно суффикс -иг-, который встречается в русских прозвищах (сравните: Воробей — Воробига, Шум — Шумига). Он придаёт слову разговорный, порой пренебрежительный оттенок, но в прозвищах чаще нейтрален.

Фамилия Авнигин — редкая, её географическое распространение, скорее всего, ограничено северо-востоком европейской России или Уралом. В дореволюционных списках она не фигурирует как дворянская или купеческая, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Предки носителя этой фамилии, вероятно, жили в глухой местности, где лесные промыслы были основой быта, а прозвище по голосу — не редкость.