Фамилия Автюшенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Евстихий. Мужское крестильное имя Евстихий в переводе с греческого означает «счастливый; преуспевающий». В основу фамилии легла производная форма этого имени - Автюш, распространенная в южных, «акающих» говорах.