Фамилия Аянитов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русской ономастике она не входит в число типичных для центральных регионов, что сразу указывает на её вероятную восточную или тюркскую основу. Если разбирать словообразовательную модель, то суффикс -ов здесь стандартный для русских фамилий, образующий притяжательное значение («чей?» — Аянитов). Но корень Аянит — не русское слово.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским именем или прозвищем Аян. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) «аян» означает «ясный», «очевидный», «известный». В переносном смысле так могли называть заметного, видного человека или, наоборот, того, кто всё делает открыто, без утайки. Прибавление -ит могло произойти через промежуточную форму (например, Аянит — «потомок Аяна» или «относящийся к Аяну»), а затем фамилия обрусела с помощью суффикса -ов. Встречается также вариант, где Аян — это сокращённая форма от арабского имени Аян (в значении «дар», «подарок»), но это менее типично для фамилий.

Есть и вторая, более спорная гипотеза: фамилия могла возникнуть от географического названия — например, от селения Аянит или реки Аян (такие топонимы есть в Якутии и на Дальнем Востоке). В этом случае предок мог получить прозвище по месту жительства: «Аянитский» — выходец с Аяна, а со временем фамилия упростилась до Аянитов. Однако эта версия слабее, так как фамилия на -итов встречается реже, чем на -ов, и обычно указывает на личное имя, а не на топоним.

По сословной принадлежности точных данных нет, но суффикс -ов говорит о том, что фамилия формировалась в среде, где уже действовала русская патронимическая модель — скорее всего, среди крестьян или мещан, которые получали фамилии по отцу или прозвищу. Аянитовы могли быть выходцами из татарских или башкирских родов, перешедших в православие, либо из народов Поволжья. В любом случае, фамилия несёт в себе отпечаток восточного корня, который через поколения «обрусел» под влиянием русской языковой среды.