Фамилия Аятова ведет начало от мужского имени Аят — так в некоторых тюркских и кавказских языках произносили арабское имя Гаит. У мусульман гаит (или гает) — это торжественное богослужение, которое проводят в дни двух главных праздников: Ураза-байрам (праздник разговения после поста) и Курбан-байрам (праздник жертвоприношения). Имя Гаит традиционно давали мальчикам, родившимся в один из этих дней.

В разговорной речи начальный «г» часто выпадал или заменялся на гортанный звук, так и возник вариант Аят. Суффикс -ов в фамилии Аятова указывает на стандартную русскую модель образования: от имени отца. То есть Аятовы — это потомки человека по имени Аят. По тому же принципу сложились фамилии Гаитов, Гаетов и Аятов — они однокоренные, но разошлись по диалектам.

География фамилии Аятова связана преимущественно с регионами, где традиционно исповедуют ислам: Татарстан, Башкортостан, Дагестан, а также некоторые области Средней Азии. Встречается она и в смешанных семьях, где при записи фамилии закрепился местный говор.

Процесс закрепления фамилий у разных народов шел неравномерно. У татар и башкир массовое оформление фамилий по русскому образцу пришлось на вторую половину XIX — начало XX века, поэтому точно установить место и время возникновения конкретной ветви Аятовых можно только через генеалогическое исследование архивных записей, метрических книг или ревизских сказок.