Фамилия Айбин — одна из тех редких русских фамилий, чей корень не славянский, а, скорее всего, тюркский или финно-угорский. Если отбросить суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?»), остаётся основа «Айб». В тюркских языках «ай» означает «луна», а «би» (бей, бий) — «князь», «господин», «вождь». Соответственно, «Айби» могло быть прозвищем или именем, которое переводится как «лунный князь» или «сияющий господин». Такие составные имена были распространены у татар, башкир и других народов Поволжья и Урала: имя Айбика (лунная госпожа) до сих пор встречается у башкир.

Суффикс -ин в фамилии означает, что её дали по отцу: Айбин — «сын Айбы» или «человек из рода Айбы». Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён нерусского происхождения. Носитель такой фамилии, скорее всего, был крещёным татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, который перешёл в православие и получил фамилию по деду или отцу. Географически фамилия Айбин тяготеет к регионам бывшего Казанского ханства и Приуралья — Татарстану, Башкортостану, Пермскому краю, Оренбуржью. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении.

Есть и менее вероятная версия — связь с финно-угорскими языками. В коми «ай» — «отец», «би» — «огонь». Тогда Айбин могло быть прозвищем старого кузнеца или хранителя очага. Однако тюркская этимология выглядит убедительнее: имя Айби (Айбика) как женское имя бытовало у многих тюркских народов, а фамилия могла закрепиться за потомками женщины с таким именем или за мужчиной, носившим уменьшительное Айба. В любом случае, фамилия Айбин — это метка, которая указывает на смешение культур на границе леса и степи, где русские суффиксы наложились на тюркские корни.