Фамилия Айгензеер образована от аналогичного прозвища, которое восходит к двум основам. Первая из них происходит от немецкого слова Aigen - «собственник, владелец». Изначально так называли мелкого фермера, который имел землю в собственности, а не арендовал ее у феодала. В Средние века это было редкостью, поэтому такой человек пользовался уважением. Вторая часть прозвища, «зеер», возможно, образована от немецкого слова Sē - «озеро». Поэтому не исключено, что предок обладателя фамилии Айгензеер жил рядом с озером. Кроме того, не исключено, что вторая часть прозвища происходит от существительного Seher - «провидец».