Скорее всего, фамилия Айнзер относится к числу искусственных еврейских фамилий и восходит к немецкому слову Eins - «один, единица». Согласно другой гипотезе, эта фамилия образована от прозвища Айнзер, которое происходит от топонима Айнзе (Einse). В Германии существует немало местечек с названиями, содержащими этот компонент. Возможно, от сокращенного названия подобного места и образована фамилия Айнзер. Так, наличие в фамилии Айнзер германской основы и форманта -ер указывает на то, что она имеет ашкеназские корни.