Фамилия Аыпкерен — редчайший случай в русской ономастике. Она не вписывается ни в одну из привычных моделей образования русских фамилий: в ней нет славянских суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский), нет типичного для тюркских фамилий окончания на -ов/-ев. Само сочетание букв «Аы» в начале слова для русского языка нетипично — это говорит о том, что перед нами иноязычная основа, записанная на слух.

Скорее всего, фамилия Аыпкерен — это русифицированная запись фамилии из одного из тюркских языков, например, казахского, киргизского, каракалпакского или ногайского. Слово «керен» (керен, керин) в ряде тюркских языков означает «смелый», «отважный», «богатырь». Первая часть, «Аып», может быть искажением от «Айып» (вина, позор, упрёк) или от имени Айып (Айыпберген, Айыпжан). В таком случае, полная форма могла звучать как Айыпкерен — «смелый, несмотря на упрёки» или «смелый, как Айып».

Другая версия: «Аып» — это диалектное или искажённое «Айып» как часть сложного имени, где «керен» — усилительная частица. В тюркской антропонимии распространены двусоставные имена-пожелания: Айыпберген (данный, чтобы искупить вину), Айыпжан (душа, искупающая вину). Фамилия Аыпкерен могла возникнуть от такого имени, где вторая часть изменилась под влиянием местного говора или ошибки писаря.

Географически фамилия, вероятно, происходит из регионов с тюркским населением, граничащих с русскими землями: Западный Казахстан, Оренбургская область, Астраханская область, или из среды казахов, перешедших на оседлость в XIX веке. В метрических книгах или ревизских сказках она могла быть записана по-разному: Айпкерен, Аыпкерен, Айыпкерен. Окончание на -ен, а не на -ов, указывает на то, что фамилию не «обрусели» до конца, а оставили в исходной форме — это бывает с фамилиями, полученными в XIX веке от представителей кочевых народов.

Таким образом, предок носителя фамилии Аыпкерен, скорее всего, был человеком с тюркским именем, которое в переводе означало нечто вроде «смелый, как Айып» или «отважный, не боящийся упрёков». Фамилия — редкий свидетель межэтнического контакта, когда русские писцы записывали иноязычное имя на слух, не переделывая его под стандарты русских фамилий.