Фамилия Аюнова — яркий пример тюркского наследия в русском ономастиконе. Её основа — мужское личное имя Аюн, которое восходит к тюркскому слову «аю» — «медведь». В тюркских языках, особенно в татарском, башкирском, казахском, имя Аюн или Аю буквально означало «медведь», «медвежий». Такие имена давали с пожеланием силы, мощи и способности постоять за себя — медведь в кочевой и лесной культуре был хозяином, которого уважали и побаивались.

Фамилия образована по русской модели с помощью патронимического суффикса -ов, который присоединился к основе Аюн. Форма Аюнова — женский вариант, мужская же фамилия звучит как Аюнов. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Аюна», «дочь Аюна». Это одна из самых распространённых моделей для адаптации нерусских имён в фамилии, особенно в Поволжье, на Урале и в Сибири, где веками жили бок о бок русские и тюркские народы.

Географически фамилия Аюнова наиболее характерна для Татарстана, Башкортостана, Оренбургской и Челябинской областей. Там она встречается в среде татар, башкир и мишарей, а также у русских, в чьих родословных были браки с представителями тюркских народов. Иногда основу фамилии путают с калмыцким именем Аюка (от того же корня «аю»), но это разные имена, хотя и одного происхождения.

Стоит обратить внимание на ударение. В русском языке фамилию чаще произносят с ударением на втором слоге — Аю́нова, хотя в тюркской среде возможно ударение на последнем слоге — Аюнова́. В документах и переписях XIX века фамилия могла записываться через «я» — Аюнова или даже Аюнова, если писарь передавал звучание на слух, но современная орфография устойчива.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён, Аюнова не несёт христианского смысла. Она — живое свидетельство того, как в многонациональной Российской империи тюркское прозвище или имя легко встраивалось в русскую фамильную систему, сохраняя память о предке, которого в своём кругу звали Медведем — уважительно и без страха.