Фамилия Аютов происходит от татарского или башкирского имени Ают (Айют, Айыт). В основе лежит тюркское слово «ай» — луна, месяц, либо «айыу» — медведь (в башкирском произношении). Имя Ают в прошлом было распространено среди татар и башкир, его давали мальчикам, желая им силы, крепости или, в случае «лунного» значения, светлой судьбы.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, которая закрепилась за тюркскими народами после вхождения их земель в состав Российского государства. Типичная схема: имя Ают → Аютов — «сын Аюта». В документах XIX — начала XX века фамилия фиксируется в Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниях, что подтверждает её приуральское и волго-уральское происхождение.

Интересная деталь: в некоторых районах Башкортостана встречается вариант написания Айутов, что ещё прозрачнее отсылает к исходному имени. При этом в метрических книгах и ревизских сказках можно найти запись «Аютов» как русифицированную форму — без «й», с характерным для русского слуха упрощением.

Сословно предки Аютовых были в основном государственными крестьянами, тептярями или башкирами-вотчинниками. Дворянских корней у фамилии нет — она народная, прозвищно-именная. Сейчас Аютовы чаще всего встречаются в Башкортостане, Татарстане и Челябинской области, изредка — в Средней Азии, куда фамилия попала в советское время вместе с переселенцами.