Фамилия Бабецкул — редкий случай, когда славянская основа соединилась с тюркским суффиксальным элементом, что сразу выдает её южнорусское или украинское происхождение. В основе лежит прозвище Бабец, которое образовано от слова «баба» (женщина, крестьянка, а в переносном смысле — трусоватый или женоподобный мужчина) с уменьшительным суффиксом -ец. То есть Бабец — это «маленькая баба» или «бабёнка», прозвище, которое могли дать человеку за мягкость характера, нерешительность или, наоборот, за склонность к сплетням и женским занятиям.

Вторая часть фамилии — «кул» — вызывает вопросы. В русских фамилиях такой суффикс нехарактерен. Вероятнее всего, это тюркский элемент «кул» (раб, слуга, холоп), который в южнорусских и украинских землях мог добавляться к прозвищу для обозначения принадлежности или служебного положения. Например, в молдавских и украинских фамилиях встречаются формы на -кул (Бойкул, Грицкул). Таким образом, Бабецкул могло означать «слуга (или человек) Бабеца». Фамилия закрепилась, скорее всего, в Черниговской, Полтавской или Херсонской губерниях, где было сильное влияние украинской антропонимики и тюркских языков.

Менее вероятная, но допустимая версия — искажение при записи. В польских и белорусских говорах существовала фамилия Бабецкий, и при переходе в русскую канцелярию её могли переделать в Бабецкул по аналогии с другими «куловскими» фамилиями. Но это лишь гипотеза.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были казаками или крестьянами, так как прозвищные фамилии с тюркскими элементами редко встречались у дворян. В архивных записях XIX века Бабецкулы встречаются в списках мещан и однодворцев южных губерний. Сегодня фамилия остаётся очень редкой, и основная её загадка — именно в нестандартном суффиксе, который делает её непохожей на типичные русские или украинские фамилии.