Фамилия Бабруйский — редкий случай, когда географическая основа прозрачна, а вот история её появления в качестве фамилии неочевидна. Корень здесь — название города Бобруйск (исторически — Бобруйск, через «о»), которое, в свою очередь, восходит к реке Бобруйке. Слово «бобр» в гидрониме указывает на животное, но не обязательно на обилие бобров: в славянской топонимике «бобр» часто означало «бобровая река» или «река с бобровыми норами». Однако написание фамилии через «а» — Бабруйский — либо отражает местное акающее произношение (характерное для белорусских и южнорусских говоров), либо является результатом ошибки в документах, которая со временем закрепилась.

Модель образования типична для фамилий знатного или служилого происхождения: суффикс -ский указывал на принадлежность к местности или владению. В Речи Посполитой и Российской империи такую форму получали либо шляхтичи, владевшие имением (например, «Бабруйский» — из Бобруйска или его окрестностей), либо люди, переселившиеся из города и записанные по месту выхода. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще носили крестьяне и мещане, фамилии на -ский в XVIII–XIX веках были маркером более высокого сословного статуса, хотя к концу XIX века эта граница стёрлась.

Версия, что фамилия происходит напрямую от прозвища «Бабруй» (житель Бобруйска), менее вероятна: прозвища редко давали по названию крупного города, если человек не был оттуда родом и не носил это прозвище как указание на место рождения. Скорее всего, первый носитель фамилии — либо выходец из Бобруйска, записанный при переписи как «Бабруйский», либо мелкий помещик, чьё имение называлось «Бабруй» или «Бабруйка». Спорное написание с «а» не меняет сути: это ойконимическая фамилия, привязанная к конкретному географическому пункту на востоке современной Беларуси.

С точки зрения ономастики, фамилия Бабруйский — не массовая. Она не входит в списки самых распространённых русских фамилий и встречается фрагментарно, в основном в Беларуси и западных регионах России. Это типичная «географическая» фамилия, которая не даёт информации о роде занятий предка, но чётко указывает на его корни — город Бобруйск, известный с XVI века как центр бобровых промыслов и позднее как крепость.