Фамилия Бабушникова — женская форма фамилии Бабушников, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов/-ев типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий отца. В данном случае основа — «бабушник». Что это за слово?

В русских говорах «бабушником» называли не «внука бабушки», а человека, который занимался особым ремеслом. Слово «баба» в старой Руси имело не только значение «пожилая женщина», но и техническое — так называли тяжёлую чугунную гирю, трамбовку для забивания свай, а также молот для ковки металла (бабка, баба). Соответственно, «бабушник» — это мастер, работающий с такой «бабой»: кузнец, молотобоец или строитель, который вбивал сваи вручную. Эта версия наиболее правдоподобна и подтверждается ономастическими словарями — фамилии на «баб-» часто уходят в ремесленный, а не родственный контекст.

Вторая, бытовая версия — прозвище Бабушник могли дать человеку, который жил с бабушкой, был её любимцем или, наоборот, чрезмерно привязан к дому, «бабушкин внук». Такое прозвище могло закрепиться иронично. Однако для фамилии, зафиксированной в центральных и северных губерниях России, ремесленный корень встречается чаще.

Особенность фамилии — редкий суффикс -ник в основе. В русских фамилиях продуктивнее суффиксы -ец, -ак, -як. «Бабушник» — более конкретное, узкопрофессиональное прозвище, что делает фамилию нечастотной. Сравните с однокоренными: Бабкин (от имени или прозвища Бабка), Бабурин (от диалектного «бабура» — гриб или бабочка). Бабушников стоит в ряду фамилий, образованных от названия рабочего инструмента или действия, как, например, Молотков или Топорков.

Встречаемость фамилии невысокая, она рассеяна по разным регионам, но чаще фиксируется в бывших владимирских и ярославских землях. Носитель фамилии может с уверенностью предполагать, что его предок был либо мастеровым человеком, работавшим с тяжелым молотом, либо получил прозвище за особую связь с бабушкой — но первая версия с точки зрения ономастики весомее.