Фамилия Бадуткина — женская форма фамилии Бадуткин, и её происхождение стоит искать в прозвище или мирском имени Бадутка. Это уменьшительно-ласкательная форма, образованная с помощью продуктивного в русской ономастике суффикса -к(а). Подобные прозвища часто давали по внешности, поведению или привычкам человека.

Основа «бадут-» может иметь несколько корней. Самая вероятная версия связывает её с диалектным глаголом «бадуть» или «бадеть», который в некоторых русских говорах означал «медлить, мешкать, бездельничать» или «баловать, шалить». Тогда Бадутка — это прозвище медлительного, нерасторопного человека или, наоборот, шалуна, баловника. В орловских и курских говорах слово «бадун» могло обозначать капризного или избалованного ребёнка.

Менее распространённая, но допустимая версия — отголосок тюркского влияния. В ряде тюркских языков есть корень «бад» (ветер, воздух) или «батыр» (богатырь, храбрец). Однако для фамилии, оканчивающейся на типично русский суффикс -ин, такая этимология менее характерна: обычно тюркские основы проникали через прозвища, но в данном случае форма Бадутка звучит скорее как чисто славянское уменьшительное имя.

Фамилия Бадуткин (и Бадуткина) — редкая. Она не входит в списки распространённых дворянских или купеческих родов, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Скорее всего, предки носителей этой фамилии жили в центральных или южнорусских губерниях, где диалектная лексика была особенно богата. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Бадуткин», то есть сын или потомок Бадутки.

Таким образом, фамилия Бадуткина восходит к прозвищу предка, которое отражало либо его характер (медлительный, шаловливый), либо специфическое местное слово, ныне почти забытое. Это типичный пример «говорящей» фамилии, за которой стоит живое народное слово.