Фамилия Багайдина имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Багайда. Фамилия Багайдина образована от прозвища Багайда, которое восходит к киргизскому bagayde, что в переводе на русский язык означает «пучеглазый». Вероятно, такое прозвище указывало на внешние особенности его носителя. Можно предположить, что у основателя рода Багайдиных были крупные глаза.