Фамилия Баговиева — редкая, и её происхождение стоит искать не в центральной России, а на Кавказе. В первую очередь она указывает на осетинские корни, реже — на ингушские или чеченские. Основа фамилии — Багови (Багоевы) — восходит к имени или прозвищу Баго. В осетинском языке слово «багъ» (баг) означает «сад» или «виноградник», но в качестве личного имени Баго чаще связывают с тюркским «богатый» (ср. тюркское «бай»). Таким образом, прозвище Баго мог получить зажиточный человек или владелец садов.

Суффикс -ев (а не -ов) в фамилии Баговиева — не случайность. В осетинских фамилиях, особенно в дигорском диалекте, распространён формант -иев/-ев, который выполняет ту же роль, что русское -ов: указывает на принадлежность к роду. Полная форма Баговиева — это женский вариант фамилии, образованный по русской модели (Баговиев → Баговиева). Мужской вариант — Баговиев.

Географически фамилия привязана к Северной Осетии, в частности к селениям в Дигорском ущелье. Встречается она и среди осетин-мусульман, и среди христиан, что говорит о давней истории рода, сложившейся до разделения по религиозному признаку. В русских документах фамилия могла писаться с искажениями — Багойев, Багоев, — но форма с -ови- (Баговиев) сохраняет архаичную осетинскую огласовку.

С сословной точки зрения предки носителей фамилии Баговиева относились к свободным крестьянам или узденям (сословие воинов-землевладельцев). В XIX веке некоторые представители рода фиксируются в списках офицеров Российской императорской армии, что подтверждает их принадлежность к привилегированным слоям осетинского общества.