Фамилия Бакдунис — редкий для России случай, когда греческое по происхождению имя закрепилось в русском обиходе практически без изменений. Разбирать её по привычной славянской модели (корень плюс суффикс -ов/-ин) не получится: окончание -ис выдает в ней северного грека, а точнее — понтийца.

Основа фамилии — греческое мужское имя Бакдунис (Μπακδούνης). В самой Греции оно нечастотное, сконцентрировано в основном в исторической области Понт (ныне северо-восток Турции) и среди потомков понтийских греков, переселившихся в Российскую империю и СССР в XIX–XX веках. Корень имени, скорее всего, восходит к турецкому или персидскому слову со значением «взгляд» или «глаз» (bakış, bakmak) — в среде понтийцев много заимствованных личных имен и прозвищ. Суффикс -унис (-ούνης) в греческой антропонимии типичен для фамилий-патронимов, то есть буквально «сын Бакдуна» или «из рода Бакдуна».

В русском языковом окружении фамилия Бакдунис не склоняется по падежам (мужская и женская формы совпадают) и сохраняет ударение на последнем слоге — Бакдуни́с. Носители фамилии в России — это в подавляющем большинстве потомки греческих беженцев и переселенцев, осевших в Краснодарском крае, Ставрополье, Ростовской области и Крыму. Встречается она и в Грузии, особенно в Аджарии, где исторически существовала крупная понтийская община.

Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным сословиям у Бакдунисов нет: это типичная фамилия крестьян и ремесленников, которые в Российской империи числились «греками-переселенцами» и занимались табаководством, садоводством и мелкой торговлей. В советское время фамилия не менялась — её не русифицировали, не добавляли окончание -ов, что делает Бакдунис редким примером «чистой» греческой фамилии в паспортах граждан России.