Фамилия Бакебаева образована от имени Бакебай, которое восходит к двум основам. Первая из них, имя Бакей (Бакый), образована от тюркского «baqy», что в переводе означает «твердый, постоянный, вечный». Вторая часть имени - тюркское слово «бай», то есть «хозяин, богатый, состоятельный, могущественный человек, господин». Вероятно, давая своему сыну имя Бакебай, родители желали ему стать богатым, уважаемым человеком. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Бакебаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.