Фамилия Бакерникова — женская форма фамилии Бакерников, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или профессиональным именованием предка. Основа фамилии — слово «бакерник». Это довольно редкий случай, когда в основе лежит не очевидное ремесло или черта характера, а, скорее всего, конкретное орудие труда или ёмкость.

Слово «бакерник» в русских говорах означало большую деревянную или глиняную посуду, кадку, бадью для хранения воды, зерна или солений. В некоторых диалектах так называли специальный чан для варки пива или браги. Соответственно, прозвище Бакерник могли дать человеку, который изготавливал такую посуду — бондарю, или же тому, кто постоянно с ней работал: пивовару, солоду, либо просто хозяину, державшему большой запас продуктов в бакерах. Вторая, менее вероятная версия, отсылает к тюркскому слову «бакыр» (медь) — тогда Бакерников мог быть медником или торговцем медной посудой, но для этой этимологии нет устойчивой русской словообразовательной модели.

Суффикс «-ник» в основе указывает на принадлежность к лицу по роду занятий или характерному предмету, а типичный русский суффикс «-ов» (в мужской форме) закрепил фамилию как отчество: «сын Бакерника». Фамилия редкая и географически привязана в основном к южнорусским и поволжским областям, где диалектное слово «бакерник» было в ходу. Встречается она и в старообрядческой среде, что может говорить о сохранении архаичного говора в замкнутых общинах.

По сословной принадлежности Бакерниковы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, ремесленниками. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано — это типичная «ремесленная» фамилия, образованная от конкретного бытового понятия, а не от имени или географического названия.