Фамилия Бахиленков — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, диалектное прозвище, связанное с обувью. Если не вдаваться в детали, предок мог быть бахильщиком — тем, кто шил или продавал бахилы. Но здесь есть нюанс: суффикс -енков указывает на то, что фамилия образована не напрямую от слова «бахила», а от более ранней формы — Бахиленок.

Разберём цепочку. Сначала появилось прозвище или некалендарное имя Бахила. В старину так могли назвать человека, который носил грубую, неудобную обувь, либо того, кто её мастерил. Бахилы — это высокая рабочая обувь, часто кожаная или брезентовая, которую надевали поверх сапог для грязной работы. От Бахилы образовали уменьшительную форму Бахиленок — так в русских говорах называли сына Бахилы или молодого подмастерья бахильщика. А уже от Бахиленка по стандартной модели «чей?» появилась фамилия Бахиленков, то есть «сын Бахиленка».

Суффикс -енков типичен для южнорусских и украинских фамилий (сравните с северным -ов/-ев). Это косвенно указывает на возможное происхождение рода из чернозёмных областей России или с востока Украины, где фамилии на -енко и -енков особенно распространены.

В словарях фамилия не зафиксирована как широко известная, что говорит о её локальном бытовании. Встречается она преимущественно в Ростовской, Воронежской областях и в Краснодарском крае — как раз в тех регионах, где бахилы были обычной крестьянской или казачьей обувью. Никакой связи с дворянством или духовенством у этой фамилии нет: её носители, скорее всего, происходили из крестьян или ремесленников, чьё прозвище закрепилось за родом.

Ещё одна версия, менее правдоподобная, но не исключённая: основа могла быть не от «бахилы», а от имени Бахил — краткой формы редкого крестильного имени Вахтисий (греч. «глубокий»). Однако в народной памяти такие имена быстро переосмыслялись в понятные слова, и связь с обувью выглядит гораздо прочнее.