Фамилия Баховаддинов — одна из тех, что сразу указывает на географию и вероисповедание предка. Её основа — арабское имя Бахауддин (Баха ад-Дин), что переводится как «красота веры» или «великолепие религии». Это составное теофорное имя, популярное в мусульманском мире: первая часть «баха» означает блеск, красоту, вторая — «ад-дин» — веру, религию. Носителями такого имени часто становились люди, посвятившие себя исламу — учёные, проповедники, судьи.

Русский суффикс -ов превратил восточное имя в фамилию по стандартной модели русской грамматики. Буква «и» между «в» и «н» — результат адаптации: в исходном варианте Бахауддин после присоединения суффикса даёт Баховаддинов (огласовка «о» вместо «а» в первом слоге — типичное явление при заимствовании, ср. Баха → Бахо). Фамилия образована не от прозвища или профессии, а напрямую от личного имени отца, то есть это чисто патронимическая фамилия: «сын Баховаддина».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где сильно влияние ислама и персидско-таджикской культуры: Таджикистан, Узбекистан, отчасти Афганистан. В России она редка и встречается в основном в среде выходцев из Средней Азии. Интересно, что в таджикском языке имя Бахауддин часто произносят как «Баховаддин» — с выпадением звука «у» и смягчением, что и закрепилось в фамилии.

Сословной принадлежности у фамилии нет: её могли носить и потомственные религиозные деятели, и простые крестьяне, получившие фамилию при советской паспортизации. В отличие от русских фамилий на -ов, которые часто указывают на географию расселения, эта фамилия — маркер скорее этнический и конфессиональный. В ономастических словарях она не фиксируется из-за редкости, но её структура прозрачна и не допускает разночтений.