Фамилия Бакимбаева — вариант женского рода от мужской фамилии Бакимбаев. Её основа — имя Бакимбай, которое составное и тюркского происхождения. Первая часть «Баким» восходит к арабскому имени Хаким (мудрый, справедливый, врач) или к его диалектным формам. Вторая часть «бай» в тюркских языках означала «господин», «хозяин», «богатый человек», «князь». Таким образом, Бакимбай — это «мудрый господин» или «богатый Хаким».

Фамилия образована по типичной для казахской и других тюркских ономастик модели: к имени добавляется русский суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). В мужском роде — Бакимбаев, в женском — Бакимбаева. Суффикс указывает на принадлежность: «из рода Бакимбая», «сын/дочь Бакимбая».

Исторически такие фамилии закреплялись в XIX–XX веках, когда в Российской империи и затем в СССР проводилась массовая фиксация фамилий у кочевых и полукочевых народов. Носители фамилии — вероятные потомки человека по имени Бакимбай, который мог быть уважаемым аксакалом, знатоком обычаев или зажиточным скотоводом.

Географически фамилия распространена в Казахстане, особенно в южных и западных регионах, а также среди казахской диаспоры в России и странах Средней Азии. Встречаются варианты написания: Бакимбаева, Бакимбаев, реже Бакимбай. Разница только в окончании, корень и смысл остаются теми же.