Фамилия Баксьян — одна из тех, что сразу выдают нетипичную для русской ономастики модель. Суффикс -ян указывает на армянское происхождение: в русской среде такие фамилии появились в основном после вхождения Восточной Армении в состав Российской империи в XIX веке. Формант -ян (в диалектах -янц) означает принадлежность или происхождение, примерно как русское -ов или -ин. Таким образом, Баксьян — это «из рода Бакса» или «относящийся к Баксу».

Корень Бакс- в армянском языке неоднозначен. Скорее всего, он восходит к тюркскому или персидскому заимствованию. В тюркских языках «бакс» (или «баксы») — это знахарь, шаман, народный целитель. В армянской среде, веками жившей в окружении тюркских народов, такое прозвище могло закрепиться за человеком, занимавшимся врачеванием или знахарством. Менее вероятная версия — от армянского слова «бак» (բակ) — «двор», но тогда логичнее была бы форма Бакян, без вставного -с-. Вставной -с- в корне — редкая особенность, которая может быть результатом диалектного произношения или искажения при записи фамилии в российских документах.

География фамилии Баксьян узкая. В дореволюционных метрических книгах и списках избирателей начала XX века она встречается в основном среди армянского населения Нахичевани-на-Дону (современный Ростов-на-Дону) и в городах юга России. Это объяснимо: армянские переселенцы из Крыма и Закавказья оседали в Приазовье, и фамилии с суффиксом -ян там типичны. В самой Армении фамилия редка, что подтверждает её возможное происхождение от прозвища, а не от топонима.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии Баксьян не относились к дворянству или духовенству. Скорее всего, это были ремесленники или крестьяне, получившие фамилию по прозвищу предка. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые массово давали крепостным, армянские фамилии на -ян часто фиксировали родовое имя ещё до отмены крепостного права, поэтому Баксьян — не случайный канцелярский штамп, а отражение реального прозвища, которое передавалось в семье.

Известных носителей фамилии в открытых источниках немного, что делает её ценной для семейной истории: каждый документ с этой фамилией — редкая находка, позволяющая восстановить маршрут миграции предков.