Фамилия Балахтар — редкий случай, когда прозвище превратилось в фамилию почти без изменений, сохранив исходный суффикс -ар, типичный для названий профессий в польском, украинском и белорусском языках. В русской традиции такие фамилии чаще обрастали окончаниями -ов или -ин, но Балахтар застыла в «чистом» виде, без патронимического суффикса. Это указывает на то, что фамилия, скорее всего, сформировалась на западнорусских землях (современные Украина, Беларусь) или у выходцев оттуда.

Основа фамилии — «балахтать». В южнорусских и украинских говорах этот глагол означал «болтать жидкость», «плескаться», «мешать», а также переносно — «пустословить», «говорить вздор». Отсюда «балахтарь» — человек, который баламутит воду, либо болтун, пустомеля. Прозвище могло закрепиться за непоседой, говорливым человеком или за тем, кто работал с жидкостями: например, мешальщиком в красильне, пивоварне или на солеварне.

Версия с тюркским корнем (сравните «балах» — ребёнок, детёныш) менее убедительна: она не объясняет суффикс -тар, который в тюркских языках даёт другое значение (например, «балактар» — штанины). Скорее всего, перед нами чисто славянское образование от звукоподражательного глагола, что подтверждается параллелями: фамилии Балахтин, Балахнин (от названий городов), Балашов (от имени Балаш) — все иной модели, а Балахтар стоит особняком.

Встречается фамилия в основном в центральных и западных регионах Украины, а также в южных областях России, куда переселялись украинцы. В дореволюционных переписях Балахтары записаны преимущественно как крестьяне и мещане. Известных носителей, оставивших след в истории, нет — фамилия осталась в тени, что типично для прозвищ, не перешедших в дворянский род.