Фамилия Балаюанов — редкая и нестандартная для русского уха. Её главная загадка лежит не в корне, а в суффиксе. Классическая русская модель «основа + -ов/-ев» здесь сломана: после корня стоит интерфикс «юан», а затем типичный патронимический суффикс. Такое строение почти всегда указывает на недавнее заимствование или искусственное оформление иноязычной основы.

Скорее всего, в основе лежит тюркское или кавказское личное имя Балаюан. «Бала» в тюркских языках означает «ребёнок, дитя» (ср. узбекское бала, азербайджанское bala). Вторая часть «юан» может восходить к персидскому «джан» (душа, жизнь) или тюркскому «ян» (сторона, бок). Имя Балаюан в таком случае можно перевести как «дитя души» или «родное дитя» — ласковое прозвище или охранительное имя, которое давали долгожданному или слабому ребёнку.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где русские пересекались с тюркскими народами: Северный Кавказ, Поволжье, Закавказье. Встречается она крайне редко, в основном у потомков казаков или крестьян, служивших на южных рубежах. Интересно, что в современных телефонных справочниках и базах данных фамилия почти не фиксируется — это говорит о том, что к середине XX века она могла измениться в написании (например, на Балаянов или Балоянов) или исчезнуть в результате урбанизации.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Балаев и Балаян встречаются в десятки раз чаще. Балаюанов же — редкий осколок диалектного или канцелярского оформления: возможно, при записи в метрические книги писарь механически добавил русский суффикс к полной форме имени, не сокращая её. Так фамилия и застыла в виде, который сразу выдает её невеликорусское происхождение.