Фамилия Балдонова — женская форма от Балдонов, и её разбор стоит начать с неочевидного: с суффикса. В русских фамилиях суффикс -ов (-ев) стандартно указывает на принадлежность («чей?» — сын Балдона). Но в данном случае основа «Балдон» почти наверняка не исконно русская, а заимствованная, что и определяет редкость фамилии.

Самая вероятная версия ведёт к бурятскому или монгольскому имени Балдан. В тибетском, откуда имя пришло в буддийскую культуру, «балдан» (dpal ldan) означает «обладающий славой», «наделённый величием». У бурят и калмыков это распространённое личное имя, которое легко могло лечь в основу фамилии. По этой модели образованы и другие фамилии региона: Балданов, Балданова. Форма Балдонова могла возникнуть из-за диалектного произношения (аканье, редукция «а» после «л») либо при записи имени в русских документах — писарь на слух передал «Балдон» вместо «Балдан».

Менее правдоподобна, но всё же возможна связь с тюркским словом «балды» (мёд, сладость) или с русским диалектным «балда» (тяжёлый молот, а также прозвище нерасторопного человека). Однако против этого говорит суффикс -он: в русских фамилиях от прозвищ на -а обычно образуются формы на -ин (Балдин), а не на -ов. Кроме того, Балдоновы встречаются в основном в азиатской части России — в Бурятии, Забайкалье, Иркутской области, что прямо указывает на бурятские корни.

Словообразовательная модель проста: к основе Балдон (от Балдан) добавили патронимический суффикс -ов, получив отчество, которое затем закрепилось как фамилия. Носители фамилии Балдонова — потомки человека, которого в миру звали Балдан, а в официальных бумагах записали как Балдон. Никакого отношения к «балде» или плотницкому инструменту эта фамилия не имеет, если только предок не получил такое прозвище в шутку, но для Забайкалья это крайне нетипично.

Таким образом, Балдонова — фамилия с ясной географической привязкой и буддийским именем в основе. Она недвусмысленно говорит о происхождении предка из среды бурят или калмыков, принявших православие или просто получивших русскую фамилию при записи.