Фамилия Балдякина — довольно редкая и, скорее всего, имеет прозвищное происхождение. В её основе лежит слово «балдяк», которое в русских говорах означало «болван», «чурбан», «бестолковый человек» или «увалень». Словарь Даля фиксирует слово «балда» в значении «дубина» и «глупый человек», а форма «балдяк» — это, вероятно, диалектный вариант того же корня. Таким образом, родоначальник Балдякиных мог получить прозвище за медлительность, простодушие или, наоборот, за грубость — в разных говорах оттенки значения различались.

Фамилия образована по типичной русской модели: от прозвища Балдяк с помощью патронимического суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — «сын Балдяка»). Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я. Мужская форма — Балдякин, женская — Балдякина.

Географически фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Ростовской и Волгоградской областях, а также на Кубани. Это косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами, где слово «балдяк» было более употребительным. В отличие от распространённых «балдовских» фамилий (Балдов, Балдин), форма Балдякин сохранила более архаичный суффикс и редкую основу.

Сословной принадлежности у фамилии нет — прозвище могло закрепиться как за крестьянином, так и за казаком. Никаких сведений о дворянских корнях или известных исторических носителях не обнаружено. Фамилия осталась в народной среде, не попав в родословные книги.

В написании возможны варианты: Балдякин и реже Болдякин (с «о» под влиянием акающих говоров). Но основная форма закрепилась через «а», что указывает на исходное произношение с ударением на второй слог — Балдя́кин.