Фамилия Балхожаева — редкий случай, когда географическое и этническое происхождение просматривается почти сразу. Её основа — казахское или тюркское мужское имя Балхожа. Оно составное: первая часть «бал» в тюркских языках означает «мёд», а в переносном смысле — «сладкий», «приятный», «дорогой». Вторая часть «хожа» — вариант арабского «ходжа» (господин, хозяин, уважаемый человек). Таким образом, имя Балхожа можно перевести как «сладкий господин» или «дорогой хозяин» — типичное для кочевой культуры имя-пожелание, которое давали ребёнку, желая ему почёта и благополучной жизни.

Фамилия образована по русской модели: к основе Балхожа добавили женский суффикс -ева, который в русском языке закрепился за женщинами. Мужской вариант — Балхожаев. Встречается фамилия преимущественно в Казахстане и среди казахов, живущих в России, особенно в приграничных с Казахстаном областях (Оренбургская, Астраханская, Алтайский край). Появление русского суффикса объясняется историей делопроизводства в Российской империи и СССР, когда тюркские имена и прозвища фиксировали в документах по русским грамматическим нормам.

Сам корень «Балхожа» мог быть не только личным именем, но и прозвищем. В казахской среде ходжами называли потомков пророка Мухаммеда, а также людей, ведущих своё происхождение от арабских проповедников ислама. Прозвище Балхожа мог получить либо человек с таким именем, либо его предок, которого за уважение или сладкий нрав прозвали «сладким ходжой». Со временем это прозвище перешло в фамилию.

С точки зрения словообразования, фамилия необычна тем, что сохранила полную основу имени без усечения, что характерно для более поздних или официально зафиксированных фамилий. В отличие, скажем, от фамилий на -ин (типа Балдин, где основа усекается), здесь суффикс -ев присоединился к целому имени. Это указывает на то, что фамилия оформилась в письменной традиции сравнительно поздно, уже в XIX–XX веках, когда русские чиновники записывали казахские имена без адаптации.

Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к конкретному сословию у фамилии Балхожаева нет — это типичная «народная» фамилия, которая возникла из личного имени или прозвища и не связана с титулами или землевладением.