Фамилия Балтонова — женская форма фамилии Балтонов, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель на -ов/-ев указывает на происхождение от имени или прозвища отца: Балтонов — буквально «сын Балтона». Но вот что скрывается за основой «Балтон» — вопрос неочевидный.

Первая и самая вероятная версия — тюркское происхождение. В татарском, башкирском и других тюркских языках есть слово «бал» — мёд, сладость. Суффикс -тон (или -тан) в тюркских именах часто образует прилагательные или указывает на обладание качеством: «балтон» можно понять как «сладкий», «медовый», «тот, кто сладок как мёд». Такие прозвища давали людям с мягким, приятным характером или, наоборот, льстецам. Фамилия Балтонова могла возникнуть в среде татарских или башкирских мурз, а затем, в процессе христианизации и русификации, закрепиться в русских документах.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с балтийским корнем. В литовском или латышском «baltas» означает «белый». Тогда «Балтон» — это прозвище по цвету волос или кожи: «беленький», «светлый». Однако эта гипотеза слаба: для русских фамилий с балтийской основой характерны другие суффиксы (например, -ис, -ус), и «Балтонов» в этом контексте выглядит искусственным заимствованием.

Географически фамилия Балтонова встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где веками жили тюркские народы и где русские фамилии нередко вбирали в себя местные прозвища. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном характере: она могла принадлежать одному роду, который в XIX веке вышел из мещан или государственных крестьян.

Словообразовательная модель проста: основа «Балтон» + суффикс -ов. Ударение, скорее всего, на втором слоге: Балто́нова. В старых переписях фамилия могла писаться через «а» (Балтанов) — это нормально для тюркских заимствований, где гласные в безударной позиции смешивались.

Если кратко: предки Балтоновых — скорее всего, люди из тюркской среды, получившие прозвище за сладкозвучную речь или мягкий нрав. Фамилия редкая, но точно хранит отпечаток степной культуры Поволжья.