Фамилия Балыдина образована от прозвища Балыда. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «балы» — забавный разговор, шутки, веселье, остроты. В таком случае Балыдой называли весельчака и общительного человека, который был «душой» компании. Морфология фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Балыдина — «дочь или жена Балыды». Мужской вариант — Балыдин. Фамилия женского рода, как и все на -ин, склоняется по правилам притяжательных прилагательных.

Менее вероятна, но тоже возможна связь прозвища со словом «балуда» — так в старину называли омут. Если исходить из этой версии, прозвище Балыда мог получить человек, живший у болота или омута, в сырой низине. Обе гипотезы не противоречат друг другу: в русской ономастике нередко одно и то же прозвище возникало в разных регионах от разных корней.

С точки зрения географии фамилия Балыдина тяготеет к северным и центральным областям России, где диалектное слово «балы» было в ходу. Встречается также в Приуралье, куда переселенцы принесли прозвище с собой.

Фамилия редкая, в списках столбовых дворянских родов не значится, что типично для прозвищной фамилии крестьянского или посадского происхождения. Потомок человека по прозвищу Балыда со временем получил фамилию Балыдина — так закрепилась память о характере или месте жительства предка.