Фамилия Бамерни — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, это не русская, а прибалтийская или немецкая фамилия, попавшая в русский язык через письменную фиксацию. В ней нет привычных для русских фамилий суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на иноязычную основу.

Первое, что бросается в глаза, — окончание на -и. В русской традиции так могли записывать фамилии, пришедшие из немецкого или латышского языков. Сравните: Барни, Верни, Церни. Корень «Бамер» может восходить к немецкой фамилии Bamer или к географическому названию. В Германии есть фамилия Bammert (от Bamberg — город Бамберг), но форма Bamer встречается реже. В латышском языке есть слово «bamurs» — «молот», но фонетически «Бамерни» ближе к немецкому, чем к балтийскому.

Другая версия — топонимическая. В Латвии и Эстонии есть хутора и мызы с названиями вроде Bamerni. В таком случае фамилия произошла от названия места жительства: «Бамерни» — тот, кто родом из Бамерна. Подобная модель образования фамилий характерна для латышей и эстонцев (окончание -ни означает принадлежность к местности).

Третий вариант, самый прозаичный, — искажение при записи. В XIX веке при переписях крестьян в западных губерниях Российской империи фамилии записывали на слух. Немецкую или латышскую фамилию могли записать как «Бамерни» вместо «Бамерт» или «Бамерс». Так что у предков носителя этой фамилии, скорее всего, были прибалтийские или немецкие корни, и они жили на территории современных Латвии, Эстонии или бывших немецких колоний в Поволжье.

В русских архивных документах эта фамилия встречается крайне редко, в основном в метрических книгах лютеранских приходов. Известных исторических личностей с такой фамилией нет.